Наш ассоциированный член www.Bikinika.com.ua

Биокондуктор - ExpressionAtlas

  1. Монтаж
  2. Документация
  3. подробности
  4. Архив пакетов

DOI: 10.18129 / B9.bioc.ExpressionAtlas DOI: 10

Биокондуктор версия: релиз (3.9)

Этот пакет предназначен для поиска наборов данных в EMBL-EBI Expression Atlas и загрузки их в R для дальнейшего анализа. Каждый набор данных Expression Atlas представлен в виде объекта SimpleList с одним элементом на платформу. Данные секвенирования содержатся в объекте SummarizedExperiment, а данные микрочипов содержатся в объекте ExpressionSet или MAList.

Автор: Мария Кис

Сопровождающий: Сухайб Мохаммед <suhaib на ebi.ac.uk>

Цитирование (изнутри R, введите цитату ("ExpressionAtlas")):

Монтаж

Чтобы установить этот пакет, запустите R (версия «3.6») и введите:

if (! requireNamespace ("BiocManager", спокойно = TRUE)) install.packages ("BiocManager") BiocManager :: install ("ExpressionAtlas")

Для более старых версий R, пожалуйста, обратитесь к соответствующему Биокондуктор релиз ,

Документация

Чтобы просмотреть документацию для версии этого пакета, установленной в вашей системе, запустите R и введите:

browseVignettes ( "ExpressionAtlas")

подробности

biocViews ArrayExpress , ExperimentData , ExpressionData , MicroarrayData , SequencingData , Программного обеспечения Версия 1.12.0 В Bioconductor начиная с BioC 3.3 (R-3.3) (3 года) Лицензия GPL (> = 3) Зависит от R (> = 3.2.0), методы, Biobase , SummarizedExperiment , limma , S4Vectors , xml2 Импорт утилит, XML , HTTR LinkingTo предлагает knitr , testthat , rmarkdown SystemRequirements улучшает URL-адрес зависит от меня импорт меня предлагает мне число Пи Ссылки на меня Отчет о сборке

Архив пакетов

следить Монтаж инструкции по использованию этого пакета в вашей сессии R

Новости